В 1989 году состояние Чернавского моста было признано аварийным.
В целях безопасности движение с правого берега на левый (из Центрального района в Левобережный) было перенесено на встречную полосу. Реконструкция Чернавского моста была начата в 1990 году. Реконструкцию моста разделили на три этапа. На первом этапе осуществляли возведение временного моста, работы были окончены к 1996 году. На втором этапе проводился демонтаж существующего аварийного моста. На третьем — возведение новых опор с учётом передвижки ездового полотна от временного моста. Все работы должны были закончиться в 2003 году, однако из-за проблем с финансированием реконструкция затянулась на 19 лет. Временный мост эксплуатировался до 1 декабря 2008 года, когда была открыта первая очередь нового моста.
Движение осуществлялось по двухполосной части моста, которая сейчас используется для переезда на левый берег города. Временный мост был демонтирован.
В сентябре 2009 года были проведены успешные тестовые испытания, которые не вывели никаких нарушений в новой линии моста. Так же был начат монтаж контактной сети для троллейбуса.
По данным 24 сентября 2009 года на реконструкцию Чернавского моста было потрачено более 1,2 млрд рублей.
24 октября 2009 года после 19-летней реконструкции Чернавский мост был открыт для движения. Машины могут ездить по нему по трем полосам в каждом направлении. Работы финансировались по федеральной программе, которая охватывает 20 регионов России. Википедия
В 2004 году во время строительных работ на Чернавском мосту произошло сразу две трагедии. 16 января 25-летний монтажник Роман Барков вел работы на металлической арке, но поскользнулся и упал с большой высоты на лед. Смерть наступила мгновенно. 21 июля рухнул в воду 55-метровый пролет старого Чернавского моста и увлек за собой семерых рабочих. Один из них – 42-летний строитель Джумалган Аралбаев так и не вынырнул. Водолазы только через час достали его тело. С тех пор в народе стали распространяться слухи о фатальной невезучести моста.
Водолазы С. Логачев, А. Волков, В. Гайдучек у Чернавского моста. Прежде чем приступить к строительству нового моста, необходимо обследовать дно моря, май 1990г.