Город Костёнск был построен на правом берегу Дона в 1642 году - "крепость, а при царе Феодоре Алексеевиче населен был и город, который был окопан валом и обнесен палисадником." По описи 1777 года, в Костёнске была одна деревянная церковь, канцелярия с архивом, воеводный дом и 240 домов обывателей. С упразднением в Воронеже верфи и Костёнск опустел, но оставался городом до 1779 года и имел свой уезд.
В 1650 г. вне крепости строится первая деревянная церковь Покрова Божией Матери, а в 1682 г. - соборная церковь Иоанна Предтечи. В этом же году была выстроена и третья городская церковь - Василия Великого.
Дмитрий (Самбикин) про Предтеченскую церковь в середине 1880-х годов: «У той церкви был вдовой поп Борис Дмитриев, 47 лет, у него два сына: Василий (в диаконаx) и Трофим; второй поп (тоже вдовой) Симеон Григорьевич, 75 лет, у него сыновья поп Борис, Алексей (в диаконах), в прошлом году (1709) по архиерейскаму указу взят в соборную церковь на Воронеж на вечное житие. В 1732 году при Соборе был поп Илия...».
В 1791 г. в Костёнках на месте Предтеченской соборной церкви возводится новая каменная церковь Покрова. Дмитрий Самбикин: «Покровская церковь в бывшем городе Костёнске, Воронежского уезда, построена в 1791 году с приделом св. Иоанна Предтечи; в 1867 году распространена и устроены в ней еще два придела: по правую сторону, рядом с главным алтарем - св. Василия Великаго (1865 год), по левую - пророка Илии. Земли 138 десятин (из них 105 дес. писцовой), на которую имеется план и межевая книга. Прихожан 2170 душ мужск. пола, два штата. При Покровской церкви в 1710 году был поп Григорий, в 1730 году Иоанн».
Штат Покровской церкви в начале XX века: два священника (Владимир Васильевич Автономов и Всеволод Саввич Попов), диакон (Василий Димитриевич Тимофеев) и два псаломщика (Иван Михайлович Баженов и Тихон Алексеевич Егоров). Приход насчитывал 675 дворов, в которых проживало 5049 человек.
В конце 1950-х гг. Покровская церковь была взорвана.
Покровская церковь на фото 1950-х: