Селение Пекшево возникло в начале XVII века под названием «деревня Пекишева». Село также носило имя - Богоявленское. До 1924 года село территориально входило в состав Задонского уезда Воронежской губернии.
Первая деревянная церковь в Пекшево появилась в 1735 году. Каменная небольшая Богоявленская церковь была построена в 1826 году.
Архиепископ Дмитрий (Самбикин) в документах середины 1880-х годов отмечал: «Церковь в селе Богоявленском (или Пекшеве) Задонскаго уезда, каменная с колокольнею, построена в 1826 году на средства помещицы Александры Нечаевой. Земли пахатной 33 десятины. К этой церкви приписана Богословская церковь села Глушицы. Прихожан 270 душ (в Глушицах 470 душ). Находящийся в приходе Пекшева хутор Кривоборье замечателен тем, что упоминается в 14 столетии в описании путешествия по Дону митрополита Пимена из Москвы в Константинополь (1389)».
По данным Воронежской епархии за 1900 год, Богоявленская церковь в Пекшево, наоборот, считалась приписной к Богословской церкви в Глушицах и обслуживалась священниками последней: настоятель (Иоанн Иоаннович Оболенский; в "Клировых ведомостях" за 1911 год упоминается Иоанн Николаевич Пересветов) и псаломщик (Михаил Дмитриевич Данилов). Приход в Пекшево насчитывал 90 дворов, в которых проживало 619 человек. В храме имелась библиотека в 47 томов.
В настоящее время Богоявленская церковь в Пекшево решением Воронежского облисполкома № 219 от 17.04.1987 г. и постановлением администрации Воронежской области N 850 от 14.08.95 г. является объектом исторического и культурного наследия областного значения (код памятника 3600396000).
Богоявленская церковь - образец провинциального ампира своеобразной архитектуры: с огромными оконными проемами - прямоугольными в нижнем ярусе и термальными - в верхнем:
